癌癥新生抗原鑒定

    通過乳腺癌的基因組分析所證實癌癥的突變景觀是復雜的，黑色素瘤[，肝癌和許多其他主要的癌癥類型。下一代測序（NGS）技術的進步已經實現了腫瘤序列與正常序列之間快速，經濟高效的比較，這是癌癥新抗原鑒定的起點（圖1）。

圖1新抗原疫苗的設計與制造

    DNA測序檢測到的許多體細胞突變均未表達（即非編碼突變，無義突變或單等位基因表達）。對于那些表達的突變導致氨基酸序列改變，異常氨基酸序列必須成功翻譯，然后加工成短肽片段，并在MHC分子的背景下展示在細胞表面上，以便被免疫系統識別?？乖奶幚砗统蔬f是一個復雜的過程，涉及多個步驟，可能會影響新抗原的呈遞。MHC I類和II類分子的抗原加工過程不同。MHC I類分子呈現內源產生或由專業抗原呈遞細胞獲得的8-10個氨基酸肽。MHC II類分子呈現出更長的肽（11-20個氨基酸），這些肽來自外源蛋白質。因此，預測體細胞突變是否會產生新抗原取決于以下幾個關鍵因素：（i）體細胞突變是否在蛋白質水平表達；（ii）突變蛋白是否可以天然加工成合適的肽用于呈遞，（ iii）突變體肽與患者自身MHC分子的結合親和力；以及（iv）突變體肽/ MHC復合體與響應性T細胞的TCR的親和力。更多內容請查看原文獻。

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腫瘤組織外顯子測序--->腫瘤新生抗原序列篩選--->新生抗原多肽制備